园艺实验教学中心是全院师生开展教学、科研、社会服务等实践活动的校内主要场所，下设24个实验室和1个校内实验站，楼层面积12530平方米，基地面积10000平方米，仪器设备3760余件，总价1582万元。中心现有专职管理人员5名，合同工2人。校内建有2000 m²的全自动智能温室，承担园艺、园林植物新品种、新技术、新模式的栽培演示，让学生在校内就参与三新农业的生产操作，感受现代农业。另外还建有1000 m²的联栋温室、2000 m²的网室、1000 m²的塑料大棚等设施，承担教师的科研项目、学生实践科技创新及创业项目的任务。

五年来，实验教学中心共开出实验课程200余门，实验项目1600余个，实验人时数43万余次，开放时数10万学时以上。实验室具备实时荧光定量PCR仪、原子吸收分光光度计、光合仪-6400等大型仪器设备，建成人工气候室2间。

共投资500余万元，建成了“南京市智能园艺物联网工程技术中心”、“果树遗传学与组学分析中心”、“江苏省新型肥料试验示范基地”、“南京市立体绿化工程技术研究中心”、“金陵科技学院园艺植物种质创新与高效利用重点实验室”、 金陵科技学院设施园艺工程技术研究中心、“金陵科技学院园林规划设计研究院”等政产学研平台。